После добавления поля с типом ссылка на объект (иерархический объект) не проходит синхронизация, другие БО с подобной настройкой синхронизацию проходят, какой таймаут или настройку надо проверить?
Судя по выполняемым SQL-командам, происходит слишком долгое создание индекса.
К сожалению, по умолчанию таймаут - всего лишь 30 секунд (на каждую команду), и единственный способ поменять его - это в alpha.config в параметре DatabaseConfig.AdditionalParams прописать “Command Timeout=3600” (для примера - 1 час; значение - в секундах).
(Это - костыль, но должен сработать; в общем случае оставлять такой большой таймаут не рекомендуется, т.к. он будет применен для вообще всех SQL-запросов)